LA IMPUTACIÓN ACTUALIZA LAS NUEVAS EVALUACIONES GENÉTICAS
Esta semana, el Consejo de Mejora Genética del Ganado Lechero (CDCB) publicó evaluaciones genéticas actualizadas para 50 rasgos y cuatro índices de selección para más de 81.5 millones de animales lecheros.
EZEQUIEL NICOLAZZI, COO, COUNCIL ON DAIRY CATTLE BREEDING
Durante este proceso trianual, el CDCB también informa sobre llamadas de haplotipos conocidos para permitir a los productores gestionar mejor los factores genéticos conocidos.
En la evaluación de diciembre, se realizó una actualización de imputación para animales de todas las razas. Esta actualización periódica de la población completa mejora la precisión de nuestro sistema genético en general; sin embargo, para ciertos grupos de animales, las evaluaciones genómicas y las llamadas de haplotipos fueron más variables de lo habitual. En general, los animales de mayor perfil, como los toros utilizados para la inseminación artificial y las hembras en programas de reproducción y comercialización, no se vieron afectados o solo levemente por la actualización de imputación porque tienen pedigrees completos registrados y fueron genotipados con chips de alta densidad. 
Con nuestro socio de investigación, el Laboratorio de Mejora y Genómica Animal del USDA, el CDCB describió por primera vez la actualización de imputación y sus impactos en este artículo. Además, las nuevas evaluaciones de diciembre incluyen nuevas llamadas de haplotipos para el síndrome de debilidad muscular de inicio temprano (HMW) y llamadas de haplotipos actualizadas para la deficiencia de colesterol (HCD) en Holstein. Para obtener más información al respecto, lea «¿Qué es una llamada de haplotipo?»
¿Qué es la imputación?
Para entender el cambio de diciembre, primero revisemos la imputación y el papel de los haplotipos en las evaluaciones genómicas modernas.
La imputación es un término elegante para describir cómo llenamos la información faltante a nivel genómico. El llenado de estos vacíos se basa primero en la información de padres e hijos, si está disponible. Dado que un animal recibe un alelo de su padre y de su madre y transmite esa misma información, podemos usar ese conocimiento para llenar parte de la información faltante.
Luego, utilizamos la información de la población de la raza, basada en haplotipos, o «trozos» de ADN que se transmiten de generación en generación en toda la población.
Estos son grupos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dispersos por el genoma de un animal.
Los haplotipos se han convertido en una herramienta valiosa en la era genómica en el proceso de imputación, así como para identificar áreas específicas y pequeñas del genoma que están vinculadas a factores genéticos que pueden ser beneficiosos (como el cuerno corto o el factor rojo) o perjudiciales (como causar pérdida de embriones o rendimiento).
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